כרך 1
ישו הנצרי — ספר ראשון: המקורות והתקופה
הוצאת "מסדה", תל אביבתשי"ד (1954)
אחד מספריו המפורסמים והשנויים ביותר במחלוקת של קלוזנר - ניסיון חלוצי של חוקר יהודי לתאר את דמותו ההיסטורית של ישו על רקע תקופתו וסביבתו היהודית. הספר, שראה אור לראשונה עוד ב-1922, עורר בשעתו פולמוס ציבורי נרחב.
כרך 2
ישו הנצרי — ספר שני: חייו ותורתו
הוצאת "מסדה", תל אביבתשי"ד (1954)
המשך המחקר - תיאור חייו של ישו ותורתו לפי קריאתו ההיסטורית-ביקורתית של קלוזנר במקורות היהודיים והנוצריים.
כרך 3
מישו עד פאולוס — כרך ראשון: התקופה
הוצאת "מדע", ירושליםתשי"ד (1954)303 עמודים
המשך ישיר ל"ישו הנצרי" - חקר הרקע ההיסטורי להתהוותה של הנצרות הקדומה כתנועה נפרדת מן היהדות.
כרך 4
מישו עד פאולוס — כרך שני: פאולוס
הוצאת "מדע", ירושליםתשי"ד (1954)323 עמודים
דמותו והגותו של פאולוס השליח, שעל פי קלוזנר עיצב את פרישת הנצרות מן היהדות ואת דמותה כדת עצמאית.
כרך 5
מגדולי הספרות העולמית — מסות ספרותיות
הוצאת "מדע", ירושליםתשי"ד (1954)453 עמודים
מסות על יוצרים מרכזיים בספרות העולם - גיאורג בראנדס, ויקטור הוגו, אמיל זולא, גתה, שילר, לב טולסטוי, פושקין, איבסן ואחרים.
כרך 6
הנביאים — מסות על מהותה של הנבואה ותפיסת-העולם של נביאי-ישראל
הוצאת "מדע", ירושליםתשי"ד (1954)288 עמודים
סקירה שיטתית של ספרי הנבואה במקרא, נביא אחר נביא - מעמוס והושע ועד יונה ודניאל.
כרך 7
יהדות ואנושיות — ספר ראשון
מהדורה רביעיתהוצאת "מדע", ירושליםתשט"ו (1955)
קובץ מאמרים בשאלות היסוד של הזהות היהודית - מקומה של היהדות בין אומות העולם, הרעיון המשיחי, והמתח שבין לאומיות יהודית לאוניברסליזם אנושי.
כרך 8
יהדות ואנושיות — ספר שני
מהדורה רביעיתהוצאת "מדע", ירושליםתשט"ו (1955)
המשך הקובץ - מאמרים על היחס שבין יהדות לנצרות, המשיח היהודי מול המשיח הנוצרי, ועל יחסם של חסידי אומות העולם ליהדות.
כרך 9
דרכי לקראת התחיה והגאולה — חלק ראשון
אוטוביוגרפיההוצאת "מסדה", תל אביבתשט"ו (1955)
זכרונותיו האישיים של קלוזנר - מילדותו בליטא ובאודסה, ודרך שנות לימודיו באירופה.
כרך 10
דרכי לקראת התחיה והגאולה — חלק שני
אוטוביוגרפיההוצאת "מסדה", תל אביבתשט"ו (1955)
המשך זכרונותיו - עלייתו ארצה ופעילותו הציבורית והאקדמית בירושלים.
כרך 11
מאפלטון עד שפינוזה — מסות פילוסופיות
כרך ראשון: התקופההוצאת "מדע", ירושליםתשט"ו (1955)344 עמודים
קובץ מסות פילוסופיות מוקדם, המהווה, כך נראה, גרסה מוקדמת יותר לתוכן שהורחב ופורסם מחדש כעבור שנה בשם "פילוסופים והוגי-דעות".
כרך 12
הרעיון המשיחי בישראל — ספר ראשון
הוצאת "מסדה", תל אביבתשט"ז (1956)
מחקר בהתפתחות הרעיון המשיחי היהודי במקרא ובספרים החיצוניים והגנוזים.
כרך 13
הרעיון המשיחי בישראל — ספר שני
הוצאת "מסדה", תל אביבתשט"ז (1956)
המשך המחקר - הרעיון המשיחי בתקופת הגנוזים והחיצוניים ובתקופת התנאים, ועד חתימת המשנה.
כרך 14
פילוסופים והוגי-דעות — מסות ומחקרים
מהדורה שניה, מורחבת ומתוקנתהוצאת "מדע", ירושליםתשט"ז (1956)225 עמודים
מסות על פילוסופים שעיצבו את המחשבה היהודית והכללית לדורותיה - אפלטון, פילון האלכסנדרוני, שלמה אבן גבירול, דון יהודה אברבנאל וברוך שפינוזה.
כרך 15
משוררי-דורנו — קובץ מאמרים
הוצאת "מדע", ירושליםתשט"ז (1956)249 עמודים
מסות על משוררים עברים בני זמנו של קלוזנר - חיים נחמן ביאליק, שאול טשרניחובסקי, זלמן שניאור, יעקב כהן, דוד שמעוני ואורי צבי גרינברג.
